Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Наиболее корректный способ внесения изменений в налоговый регистр по учету доходов — это корректировка лишних начислений налога в графе того месяца, когда были произведены неправильные начисления.

Поскольку перерасчет суммы НДФЛ Вашим работникам будет сделан в течение того же налогового периода, за который будет представлена справка 2-НДФЛ, то в указанных справках следует отразить правильные данные с учетом сделанного перерасчета.

Обоснование вывода:
С 2011 года налоговые агенты обязаны вести учет доходов физических лиц и исчисленного и удержанного налога в регистре налогового учета, форма которого должна быть разработана налоговым агентом самостоятельно. Перечень информации, которая должна быть отражена в регистрах налогового учета по НДФЛ, приведен в п. 1 ст. 230 НК РФ. Информация, представленная в регистрах, должна давать возможность идентифицировать:

— налогоплательщика и его статус;
— виды доходов, суммы доходов, даты их выплаты;
— налоговые вычеты, предоставленные налогоплательщику;
— суммы налога, удержанные и перечисленные в бюджет, даты удержания и перечисления и реквизиты платежных документов на перечисление сумм налога.

Операции по начислению и удержанию налога в налоговом регистре отражаются в разрезе доходов, облагаемых по разным ставкам.

До вступления в силу указанной редакции ст. 231 НК РФ в целях учета доходов, полученных от них физическими лицами, налоговые агенты использовали самостоятельно разработанную форму или соответствующие разделы формы 1-НДФЛ «Налоговая карточка по учету доходов и налога на доходы физических лиц за 2003 год», утвержденной приказом МНС России от 31.10.2003 N БГ-3-04/583.

Таким образом, с 1 января 2011 г. в целях гл. 23 НК РФ налоговые агенты ведут учет доходов, полученных от них физическими лицами в налоговом периоде, предоставленных физическим лицам налоговых вычетов, исчисленных и удержанных налогов в регистрах налогового учета. При этом прямо установлено, что формы регистров налогового учета и порядок отражения в них аналитических данных налогового учета, данных первичных учетных документов разрабатываются налоговым агентом самостоятельно, такой учет ведется индивидуально по каждому физическому лицу в регистрах налогового учета (п. 1 ст. 230 НК РФ).

Согласно разделу I Рекомендаций по заполнению формы 2-НДФЛ «Справка о доходах физического лица за 20__ год» (Приложение к форме 2-НДФЛ, утвержденной приказом ФНС России от 17.11.2010 N ММВ-7-3/611@, далее — Приказ от 17.11.2010) форма Справки заполняется на основании данных учета доходов, выплаченных физическим лицам налоговым агентом, предоставленных физическим лицам налоговых вычетов, исчисленных и удержанных налогов в регистрах налогового учета.

Следовательно, именно на основании регистров заполняется справка по форме 2-НДФЛ. Значит, изначально необходимые изменения должны быть внесены в налоговый регистр.

На данный момент официальные разъяснения контролирующих органов по вопросу внесения изменений в налоговый регистр по НДФЛ отсутствуют.

По нашему мнению, наиболее корректный способ внесения изменений в налоговый регистр по учету доходов — это корректировка лишних начислений налога в графе того месяца, когда были произведены неправильные начисления. Запись об отмене излишнего удержания корректнее показывать в графе того месяца, когда фактически производятся исправления.

Такая корректировка, по нашему мнению, имеет право на существование, потому как не повлечет за собой каких-либо искажений как в исчислении налоговой базы по итогам налогового периода (года), так и суммы налога, подлежащего уплате в бюджет.

При этом обращаем внимание, что все расчеты организации по корректировке налоговой базы должны быть оформлены бухгалтерской справкой.

Аналогично, по нашему мнению, следует вносить исправления в налоговый регистр и в случае, если переплата НДФЛ образовалась в одном месяце налогового периода, то есть нужно исправить в этом месяце излишние начисления.

По вопросу оформления справки по форме N 2-НДФЛ.

В силу п. 2 ст. 230 НК РФ сведения о доходах физических лиц истекшего налогового периода и суммах начисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему РФ за этот налоговый период налогов налоговые агенты представляют в налоговый орган по месту своего учета ежегодно не позднее 1 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом, по форме N 2-НДФЛ, утвержденной Приказом от 17.11.2010.
В приказе ФНС России от 06.12.2011 N ММВ-7-3/909@ «О внесении изменений в приложения к приказу от 17.11.2010» указаны новые коды для доходов и вычетов.

Поскольку перерасчет суммы НДФЛ Вашим работникам будет сделан в течение того же налогового периода, за который будет представлена справка 2-НДФЛ, по нашему мнению, в указанных справках следует отразить правильные данные с учетом сделанного перерасчета.

То есть, поскольку справки по форме 2-НДФЛ за 2011 год еще не были представлены в налоговый орган, в них следует отразить уже исправленные данные по начислению и удержанию НДФЛ.

Тогда в п. 5.3 «Сумма налога исчисленная» указывается общая сумма исчисленного налога (на основании данных исправленного налогового регистра). В п. 5.4 «Сумма налога удержанная», соответственно, указывается общая сумма удержанного налога. При этом в п. 5.5 «Сумма налога перечисленная» указывается сумма налога, перечисленная за налоговый период.

Данные по п. 5.5 справки о доходах физического лица «Сумма налога перечисленная» следует показать за минусом суммы возврата работнику, если организация успела вернуть суммы переплаты работнику.
В случае, если возврат не был сделан, то в п. 5.3 «Сумма налога исчисленная» справки 2-НДФЛ указывается исправленная сумма (на основании данных исправленного налогового регистра), а в п. 5.4 «Сумма налога удержанная» и п. 5.5 «Сумма налога перечисленная» указываются суммы без исправлений.
То есть, если сумма налога не была возвращена работнику, то сумма перечисленного налога будет также указана в п. 5.5 справки 2-НДФЛ.

В этом случае возврат НДФЛ будет проведен по правилам п. 1 ст. 231 НК РФ. В п. 1 письма Минфина России от 16.05.2011 N 03-04-06/6-112 разъяснен порядок действий организации по возврату обнаруженной переплаты.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Галеева Наталья

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
аудитор Мельникова Елена